我校成立了示范中心建设和运行管理委员会，由校领导牵头，教务处、国资处和保卫处等相关管理部门参与，制定了学校层面相关管理制度。中心成立了教学指导委员会，每年以召开年会的形式参加中心的教学管理工作。根据国家有关部门的规定，参考“教高厅[2016]3号国家级实验教学示范中心管理办法”，依据学校相关管理制度，公开招聘和聘任示范中心主任，并报市教委等上级主管部门备案。中心于2016年对实验中心相关管理制度进行了重新修订，制订完善了实验教学、实验室管理和实验安全系列规章制度，以上制度已在示范中心网站公布，并在每个实验室内张贴了实验室管理的重点规则制度。 

中心始终秉承“同类合并、集中管理、资源共享、开放使用”的实验室开放管理理念。建立了完善的实验室开放和管理制度，每个平台都有固定的开放实验室。开放实验室每周开放7天，每天从8：00至22：00。 

中心从2017年获批至2023年间，不断完善各项管理制度，着重从中心实验教学管理和运行机制创新方面进行推进，提高了实验教学效率，增强了实验教学效果。同时，加大了实验室开放力度，不断开发新的实验项目，构建全方位开放的实验教学环境。各实验平台的不同功能实验室均向相关的本科生开放，鼓励学生在课余时间利用实验室的资源做扩展性和创新性实验，或者参加由主讲教师组织的实验改进项目等。采取多种途径保证中心顺利运行。为了使实验室的安全、卫生、实验准备、仪器购置等各项日常工作都有章可循，制定并完善了人员岗位责任制、工作考核制度、实验技术人员聘任制、安全卫生管理制度、中心运行经费管理规定、仪器管理等规定，确保各实验室管理和运行制度化。同时，各实验室按照规章制度，做了相应安全检查日志、实验记录、开放实验记录、借物与损坏仪器维修记录、安全与卫生检查记录、仪器使用记录等的登记与备案工作。